ಅಂದಹಾಗೆ, ಅಮರನಾಥ ಯಾತ್ರೆಯು ಭಾರತದ ಅತ್ಯಂತ ಪವಿತ್ರ ಮತ್ತು ಪುರಾತನ ಯಾತ್ರೆಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಇದರ ಇತಿಹಾಸವು ಪುರಾಣ ಕಾಲದಷ್ಟು ಹಳೆಯದು. ದಂತಕಥೆಯ ಪ್ರಕಾರ, ಶಿವನು ಪಾರ್ವತಿ ದೇವಿಗೆ ಅಮರತ್ವದ ರಹಸ್ಯವನ್ನು (ಅಮರ ಕಥೆ) ವಿವರಿಸಲು ಈ ಏಕಾಂತ ಗುಹೆಯನ್ನು ಆರಿಸಿಕೊಂಡಿದ್ದನು. ಈ ರಹಸ್ಯವನ್ನು ಯಾರೂ ಕೇಳಬಾರದೆಂಬ ಉದ್ದೇಶದಿಂದ ಶಿವನು ತನ್ನ ವಾಹನ ನಂದಿ, ಚಂದ್ರ ಮತ್ತು ಸರ್ಪಗಳನ್ನು ದಾರಿಯುದ್ದಕ್ಕೂ ವಿವಿಧ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಬಿಟ್ಟು ಬಂದನೆಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. 15ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ ಬೂಟಾ ಮಲಿಕ್ ಎಂಬ ಮುಸ್ಲಿಂ ಕುರುಬನು ಈ ಗುಹೆಯನ್ನು ಪುನಃ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಿದನು ಎಂಬ ಜನಪದ ಕಥೆಯೂ ಪ್ರಚಲಿತದಲ್ಲಿದೆ.